Der Lago Enriquillo und der Azuéi See sind sowohl für die Dominikanische Republik und Haiti als auch für die Karibik und darüber hinaus von großer Bedeutung. Ihr Wasser und das sie umgebende Land bieten verschiedenen Arten, die als endemisch angesehen werden, Habitat, einschließlich Wirbellosen, Fischen und Reptilien. Die hohe Anzahl von endemischen Arten ist in der Verbindung der Paleoinseln und ihrer jeweiligen Flora und Fauna begründet.
Die beiden Seen Enriquillo und Azuéi sowie die benachbarten Gewässer sind ein wichtiges Habitat auch für viele Arten von Wasservögeln.Der Rosaflamingo (Phoenicopterus ruber) kommt häufig in der Nähe der Küste vor, wo er sich von kleinen Organismen auf dem Seegrund ernährt. In der Bucht von Boca de Cachón können Schwärme von mehr als 1.000 Flamingos angetroffen werden.
Das Spitzkrokodil / Amerikanische Krokodil (Crocodylus acutus) kam entlang fast der ganzen Küsten von Hispaniola vor. Heute hat es wahrscheinlich nur am Lago Enriquillo und Lac Azuéi überlebt. Am Lago Enriquillo wird der Bestand an nicht brütenden Krokodilen mit 500 angegeben. Das Amerikanische Krokodil lebt in Küstenregionen, im Brackwasser. Der Enriquillo See ist wahrscheinlich das salzigste Gewässer, in dem diese Art vorkommt. 1984 wurde die Anzahl der Krokodile im Azuéi See auf über 400 geschätzt. Intensive Jagd und Wilderei haben jedoch dazu geführt, dass dieser Bestand vom Aussterben bedroht ist.
Am Lago Enriquillo bauen die Krokodile ihre Nester im sandigen Strandboden - hauptsächlich während des Monats Februar. Die Brutzeit beträgt ungefähr 85 Tage. Durchschnittlich gibt es 22 Eier pro Nest. Die Anzahl der Nester wechselt sehr stark, in den Jahren 1996 und 2003 waren es 51 Nester an den Seestränden, 1994 nur 14. Nach dem Ausschlüpfen ziehen die Mütter mit ihren Jungen zu Süßwassergebieten. Dort verbringen sie ihr erstes Jahr, versteckt in Schilfgebieten und in den Wasserpflanzen der Flüsse. Später findet man sie an den Flussufern, wo sich Süßwasser der Flüsse mit dem Salzwasser des Sees mischt.